《孤岛危机2》的故事发生在2023年，也就是第一代的三年后。外星人在地球的一大片地区发动了战争。每一个大城市都遭到了袭击，人口急剧减少。玩家将捍卫地球战争的结束。孤岛危机2》的主角变成了marine Katz。在与CEPH的战斗中，他被少校劳伦斯·巴恩斯，一个假扮成男人的前特种部队领导人救了。

　　大约6500万年前，一群神秘的外星生物CEPH通过先进的技术来到了地球。它们的身体就像今天地球上的头足类动物。这些外星人成为了统治地球的第一个智能种族，但由于某种原因，可能是因为当时的地球环境不适合他们生存，所以大约200万年前，CEPH collective进入了休眠状态。

　　孤岛危机2攻略

　　生化装置具有半生物半机械的特点。它可以大大提高设备制造商的能力。从理论上讲，它的生物技术可以使生化服装真正融入人体，修复人体组织，使之不再是一件衣服，而是人体“皮肤、内脏、骨骼”的一部分。在某种意义上，它意味着人类的进化。他希望自己腐烂的身体可以通过穿上生化衣服来进化和修复，并再次存活下来。不幸的是，由于CEPH的基础是封闭的，人类的技术无法打开，他得到的技术和样品太少，无法使生化装置完美。只有最基本的功能。虽然该接口是为高端预留的，但由于缺乏“硬件”，无法使用。